Hi,
das siehst Du schon richtig.
Bau' Dir einfach einen regelbaren, guten Line-Out hinter die Speakerbuchse. Wenn's brummen sollte, nimm einen kleinen Trenntrafo.
Mit diesem Signal steuerst Du dann das FX an, das FX verstärkst Du dann über eine separate Endstufe.
Einschleifwege, speziell bei so kleinen Amps wie dem JTM45, sind m.E. purer Nonsens, wenn man mit kräftiger Endstufenzerre spielen möchte.
Andererseits: für Cleansounds, EQ, Noise- Gate, Volume- Pedal etc. ist so ein Einschleifweg allerdings recht brauchbar.
Gruß
Jacob