@ Sebastian, ich hab immer gegen GND gemessen.
Das macht die Sache nicht weniger mysteriös ... denn dann gilt mein oben gesagtes. War bei den Messungen etwas eingesteckt? Lautsprecher? Instrument? ich kann mir die Werte nicht erklären, zumindest, wenn Du eine saubere Verbindung von der Schaltung zur Masse hast.
Miss doch mal im ausgeschalteten Zustand von irgendeinem GND Pad auf der Platine den Durchgang zum Chassis (Piepser, Ohm). Ist das wirklich angeschlossen? Wenn ja, widerhole das von alles Massepunkten (Buchsen, Potis, ...). Die Abstandshalter für die Platinen hast Du verwendet? Die Drahtenden auf der Unterseite kurz genug abgezwickt? Alle Pads wirklich sauber gelötet? Zumindest auf der Netzteilplatine könnten manche Lötstellen gerne etwas mehr Zinn vertragen.
Zur Verdrahtung der Buchsen (Verstärker ausgeschaltet, Elkos entladen und Netzseecker gezogen):
Miss mal auf der Eingangsseite ohne etwas eingesteckt über R1 ... dann solltest Du etwa 0 Ohm messen, da die Buchse den Widerstand kurz schliesst. Stecke nun einen losen Klinkenstecker (oder Instrumentenkabel ohne angeschlossenes Instrument) ein, dann solltest Du R1 mit seinen vollen 1MOhm wieder sehen, da der Schalter in der Buchse offen ist. Diese 1MOhm sollten dann auch am anderen Ende des Kabels zwischen den beiden Kontakten der Klinke zu messen sein.
Test ausgangsseitig: klemme das Multimeter an die beiden unbenutzen Pins der Ausgangsbuchse und schalte es in den Ohm-Bereich. Wenn nichts eingesteckt ist, solltest Du den Kupferwiderstand der Sekundärwicklung messen (irgendwelche vermutlich einstelligen Ohm-Werte). Stecke nun den Lautsprecher an. dann sollte der Messwert gegen Unendlich gehen, denn dann misst Du nur die offenen Schaltkontakte. Wenn nicht, Verdrahtung der Buchse nochmal überprüfen.
Viel Erfolg!
Ciao
Sebastian